На фоне грядущих выборов в Законодательное Собрание и борьбы за губернаторское кресло противостояние между городом и областью усилилось. На предвыборной конференции «Наш дом — Россия» Аркадий Чернецкий заявил: «Если еще пару лет назад расхождений по принципиальным вопросам между нами и „Преображением Урала“ практически не было, то сегодня позиции сторон антагонистичны».

Поводов для политических конфликтов было достаточно. Так, не получая достаточного финансирования из областного бюджета и не имея собственных средств для дотирования коммунальной сферы, Аркадий Чернецкий решил увеличить тарифы на воду и тепло. Областное правительство по настоянию Эдуарда Росселя постановление мэра отменило.

Тогда же в больницах и поликлиниках Екатеринбурга ввели платные услуги, за что областные власти упрекали руководство города. Незадолго до выборов в интервью газете «Свердловский строитель» Аркадий Чернецкий объяснил, что другого выхода не было — областная администрация урезала городской бюджет на здравоохранение до 40% к уровню 1996 года. Региональных чиновников он обвинил в попытке раздуть предвыборный скандал.

Еще одним камнем преткновения стало строительство метро в Екатеринбурге. В конце 1997 года проходчики прекратили работу, требуя выплатить зарплаты за предыдущий год. «Были забастовки, были голодовки, когда отставание по зарплате достигло одиннадцати месяцев. Рабочие сидели в шахте сутками. Требовали денег. И правильно, в принципе, требовали — это был их заработок», — вспоминает бывший директор «Свердловскметростроя» Юрий Дозорец.

Аркадий Чернецкий уверял, что строительство метро финансирует только город, а область и федерация денег больше не выделяют — отсюда и дефицит средств.

На выборах конкуренцию движениям «Преображение Урала» и «Наш дом — Наш город» могли составить «Горнозаводской Урал» бывшего главы областного правительства Валерия Трушникова и региональное отделение правительственной партии «Наш дом — Россия». Участники НДНГ договорились с этими объединениями «не сталкивать лбами» своих кандидатов в одномандатных округах. Чернецкий предлагал НДР идти на выборы единым блоком, но эту идею не поддержали.

В «Преображении Урала» планировали набрать дополнительные очки благодаря встрече в Екатеринбурге глав государств — Бориса Ельцина, канцлера ФРГ Гельмута Коля и президента Франции Жака Ширака. Ее планировали на 25−26 марта 1998 года. Эдуард Россель публично заявил, что собирается извлечь из этого события «максимальную экономическую пользу» — региональная власть подготовила 16 проектов указов президента, направленных на кардинальное улучшение дел в экономике региона.

Визит долго готовили, но он не состоялся.

Элла Воробьева, заместитель начальника главного управления социальной защиты населения области, кандидат от «Преображения Урала», прогнозировала, что избиратели припомнят губернаторскому движению невыплаты заработной платы, задержки пенсий и детских пособий и другие социальные проблемы. По ее словам, политические оппоненты строили свои избирательные кампании на критике областной власти.

Опасения сторонников губернатора оправдались — для «Преображения Урала» выборы закончились провалом. Движение набрало всего 9% голосов и получило два места. За «Наш дом — наш город» проголосовало более 20% избирателей — от команды Чернецкого в парламент прошли четыре депутата.

Мандаты новой Думы получили представители семи региональных объединений. К тем, кто уже получил места в думе предыдущего созыва, присоединились «Коммунисты и Аграрии Свердловской области», «Наш дом — Россия», «Социальная помощь и поддержка», «Промышленный союз».

После ротации у «Преображение Урала» стало восемь мандатов, а у НДНГ — семь. В обновленном составе Думы ни одна из политических сил уже не располагала большинством, принимать решения депутаты могли только на основе коалиций и политических союзов. Это выяснилось, когда 16 из 28 депутатов новой Областной думы предложили Вячеславу Сурганову подать в отставку, но не сумели выбрать его преемника.

Не прошло и месяца, как история повторилась. Претендентами на пост председателя были Николай Воронин («Наш дом — наш город») и Валерий Трушников («Горнозаводской Урал»). Необходимого количества голосов ни тот, ни другой не набрали — выборы пришлось перенести. На следующем заседании никто из участников вновь не получил необходимого числа голосов, и процедура зашла в тупик. Решить проблему удалось, когда Трушников отказался от претензий на пост председателя и согласился работать замом Сурганова с правом подписи на банковских документах.
Одним из главных направлений в работе депутатов в 1996—2000 годах стало развитие правовой базы для формирования органов законодательной, исполнительной, судебной власти. В городах и районах области начали разрабатывать уставы и готовить выборы в органы местного самоуправления.

В мае 1998 года приступил к работе Уставный суд Свердловской области. В этот период ЗакСо приняло законы о правовых актах в Свердловской области, о туризме и туристской деятельности, о государственной казне, об органах опеки и попечительства, об образовании, экологическом мониторинге и ряд налоговых законов.

31 декабря 1999 года Борис Ельцин объявил о своей отставке с поста главы государства. Обязанности президента до выборов, назначенных на 26 марта 2000 года, он возложил на премьер-министра Владимира Путина. К этой дате в Екатеринбурге приурочили выборы в Палату Представителей, которые должны были состояться 9 апреля. Тогда же срок полномочий депутатов увеличили с двух до четырех лет.

Несмотря на многопартийность Думы, основными политическими силами оставались НДНГ и «Преображение Урала», создавшее избирательный блок «Единство Урала» — в него вошли региональные движения «Гражданская инициатива северян» и «Гражданская инициатива и согласие». Аркадий Чернецкий заявил, что муниципалитеты стремятся к конструктивному сотрудничеству с областной властью, и назвал НДНГ «движением здравого смысла, которое встало на защиту интересов муниципальных образований, бюджетников, учащейся молодежи, пенсионеров».

Благодаря президентским выборам явка в марте 2000 года была высокой — 66,1%. В кампании участвовало 11 объединений, но в Думу прошли только четыре — «Единство Урала», НДНГ, коммунисты и объединение «Май» Александра Буркова. С учетом 14 депутатов, сохранивших мандаты, в облдуме собрались представители 11 партий и движений, в том числе трех федеральных.

Депутаты облдумы сформировали шесть комитетов: по экономической политике, бюджету, финансам и налогам; по вопросам законодательства и местного самоуправления; по аграрной политике, природопользованию и охране окружающей среды; по социальной политике; по вопросам промышленной политики и хозяйственной деятельности; по труду, жилищным вопросам, пенсионному обеспечению и делам ветеранов.

К этому времени срок полномочий председателя облдумы Вячеслава Сурганова истек — основными кандидатами на его место были Валерий Трушников, Николай Воронин, Александр Заборов и Евгений Порунов. При голосовании депутаты поддержали Порунова. «Его победа стала самым заметным достижением в деятельности объединения, — говорит Чернецкий. — Традиционно мы старались иметь сильные позиции в комитете по местному самоуправлению. Председателем комитета одно время был я. С другими его руководителями мы находили общий язык. В целом депутаты НДНГ работали во всех комитетах. Если их позиция и отличалась от позиции проправительственной фракции, они об этом заявляли. К конфронтации ради конфронтации никто не стремился. И если мы считали, что региональная власть по отдельным направлениям идет правильным курсом, то поддерживали ее решения без всяких амбиций».

Заместителями председателя Областной думы стали Валерий Трушников (движение «Горнозаводской Урал»), Александр Заборов (фракция «Единство Урала»), Вячеслав Тепляков (фракция «Коммунисты и Аграрии Свердловской области»), Дмитрий Анфалов (движение «Май»). Руководящие посты председателя, четырех замов и шести руководителей комитетов получили представители всех политических сил Свердловской области.

Порунов заверил общественность, что компромисс найден и Дума будет работоспособной.

В Палату Представителей в марте 2000 года избрали 17 депутатов. Председателем стал глава Каменска-Уральского Виктор Якимов. Комитетов было четыре: по экономической политике, бюджету, финансам и налогам; по вопросам законодательства и местного самоуправления; по социальной политике; по аграрной политике, землепользованию и экологии.

После выборов работать в ЗакСо начала Людмила Бабушкина, прежде — замглавы управления Пенсионного фонда РФ по Свердловской области. В интервью «Областной газете» она рассказала, что долго отказывалась баллотироваться, понимая степень ответственности депутата. По словам Бабушкиной, никто из 13 кандидатов в Богдановичском округе поначалу не воспринимал ее как конкурента.

«Я в это время встречалась с людьми, объясняла, что иду в законодательную власть заниматься социальными вопросами, — вспоминает Бабушкина. — Золотых гор не обещала, но говорила, что социальную сферу буду защищать как смогу. Люди мне поверили. Об этом можно судить по почте — за три с половиной месяца я получила более 85 писем избирателей. Многим удалось помочь».

В 2000 году по просьбе избирателей округа Людмила Бабушкина предложила восстановить звание «Ветеран труда» и внести соответствующие поправки в закон «О ветеранах». Тогда же при ее непосредственном участии приняли областной закон «О социальной защите граждан, проживающих на территории Свердловской области, получивших первую или вторую группу инвалидности вследствие военной травмы, полученной при исполнении обязанности военной службы, при вооруженных конфликтах и проведении контртеррористических операций». Благодаря этому закону воины-афганцы, участники чеченской войны и других боевых действий получили дополнительные выплаты.

Руководитель организационного управления администрации области Виктор Миронов говорил, что в Палате Представителей губернатор и правительство области будут опираться на тех депутатов, которых поддерживало «Единство Урала», и называл в их числе Людмилу Бабушкину.

С апреля 2000 по апрель 2002 года депутаты приняли рекордные 157 законов. Каждый третий из них разработал комитет по экономической политике, бюджету, финансам и налогам, каждый четвертый — комитет по вопросам законодательства и местного самоуправления.

Федеральный центр тем временем утвердил ряд федеральных законов, регулирующих вопросы государственного устройства, муниципального управления, экономической и социальной сфер. Заксобранию пришлось системно обновлять областное законодательство.

Начало нулевых годов стало переломным для региональных партий и объединений. В июле 2001 года вступил в силу федеральный закон «О политических партиях», который фактически запретил общественно-политические движения в регионах — с середины 2003 года в выборах могли принимать участие только территориальные отделения федеральных партий. Участники региональных блоков и движений начали искать себе применение.

В конце 2001 года партии «Единство» (ее представлял гендиректор НТМК Сергей Носов), движений «Отечество» (его представлял Аркадий Чернецкий) и «Вся Россия» заявили, что объединяются и создают партию «Единство и Отечество — Единая Россия». Годом позже политический блок «Единство Урала», поддерживавший Росселя, сменил название и участвовал в политической жизни как движение «За родной Урал».

Политическое противостояние глав Екатеринбурга и области снова усилилось.

В апреле 2002 года, на последних выборах в ЗакСо, где могли участвовать региональные политические структуры, первое место и семь мандатов получил блок «За родной Урал», второе место и четыре мандата — «Единство и Отечество». Из 11 участников прошли еще КПРФ и «Партия пенсионеров». Новым председателем областной думы стал Николай Воронин.

По его словам, основным направлением законотворческой деятельности в 2002—2004 годах стало бюджетное законодательство. Впервые депутаты приняли законы о долгосрочных целевых программах, в том числе господдержке малого предпринимательства, развития культурной деятельности, материально-технического обеспечения системы образования и другие. Почти 60 законов приводили областную нормативную базу в соответствие с федеральной.

Представители местных политических объединений занимали большинство мест в Законодательном Собрании Свердловской области десять лет. С апреля 1996 по октябрь 2006 года ни одна политическая сила не могла сформировать относительное большинство — 15 мандатов, позволявших принимать решения. Перемены начались после выборов 2006 года, когда 15 мандатов получила «Единая Россия».